С 1 октября 2021 года в состав Московской областной таможни вошли два таможенных поста – Научно-инновационный и Московский железнодорожный. Ранее эти посты находились в составе Московской таможни Центрального таможенного управления.
Специализацией научно-инновационного поста является осуществление фактического контроля инновационной продукции и материалов для научных исследований, а также товаров, ввозимых для промышленной сборки автомобилей. Крупнейший уполномоченный экономический оператор, осуществляющий деятельность в регионе поста – компания «РЕНО Россия». Штатная численность поста составляет 10 человек. Научно-инновационный пост расположен на территории особой экономической зоны технико-внедренческого типа Технополис «Москва» по адресу 109316, Москва, Волгоградский проспект, д. 42, корп. 36. Код поста 10013250.
Московский железнодорожный таможенный пост осуществляет фактический контроль в отношении товаров, перемещаемых железнодорожным транспортом. Штатная численность поста составляет 19 человек. Московский железнодорожный таможенный пост расположен по адресу 125635, Москва, ул. Путейская, д.7, код поста 10013240.