С.В. Беляев родился 20 ноября 1971 года в Казахстане.
Окончил Кыргызский государственный институт физической культуры, в 1998 году - Российскую таможенную академию по специальности «таможенное дело».
Начал службу в таможенных органах в 1993 году в должности старшего инспектора Тольяттинской таможни.
С 2013 по 2016 годы был начальником таможенного поста АвтоВАЗ Самарской таможни.
С 2016 по 2018 годы Сергей Беляев был заместителем начальника Нижегородской таможни по экономической деятельности.
В 2018 году был назначен на должность первого заместителя начальника Приволжской электронной таможни.
С 5 июня 2020 года в соответствии с приказом ФТС России от 3 июня 2020 года № 1419-К назначен на должность начальника Центральной электронной таможни Центрального таможенного управления.
Сергей Витальевич за время службы в таможенных органах был представлен к наградам ГТК и ФТС России. Награжден медалями «За службу в таможенных органах» I, II, III степеней, «За усердие», «Дмитрий Бибиков», нагрудными знаками «Отличник таможенной службы», «Ветеран таможенной службы».