Сейчас в сфере фитосанитарного надзора действует ФГИС при Россельхознадзоре и большое количество ее модулей и подсистем. Порядок создания, развития и эксплуатации федеральной государственной информационной системы определит Правительство.
Нормы законопроекта определяют перечень информации, которую включат в ФГИС. Например, туда попадут сведения о гражданах и юридических лицах, участвующих в получении госуслуг в области карантина растений, а также осуществляющих карантинное фитосанитарное обеззараживание подкарантинной продукции.